Az erdő kapitánya cselekményének szervezőelve a bűnüldözők többé-kevésbé összehangolt együttműködése annak érdekében, hogy rács mögé juttassanak egy régóta körözött mesterbűnözőt. A címszereplő Kapitány kutya, ő a csapat főnöke és esze; az egér Ede, a Tizedes, aki igyekezetében ugyan néha kínosan melléfog, máskor viszont a legeredményesebben cselekszik; velük dolgozik egy bagoly, aki folyton panaszkodik ugyan, de mindig megteszi a reá bízott munkákat; valamint kollégájuk még egy bolha is, Góliát, aki „beépített ügynökként” erősíti a csapatot. Fontos szerepet kap a cselekményben, de már az erdei közegben ismerjük meg Ede „rokonát”, a denevér Dinit, aki a Kapitány segítőjévé avanzsál (és nem mellékesen Dini karakteréhez kötődik az egyik legnyomatékosabb komikus vonulat a filmben, amely afféle inverziós logikára épít: mivel Dininek a fejjel lefelé lógó testhelyzet a természetes, ez a megfordítottság a beszédmódjára is kiterjed, azaz visszafelé mondja szavait, s csak a Kapitány jön rá arra, hogy a működőképes kommunikációhoz a saját mondandóját is „meg kell fordítania”; továbbá az is az inverzió jegyében formált emlékezetes geg, hogy a Kapitánynak épített házat Dini a saját komfort-elképzelései alapján értelmezve, tetővel lefelé [!] alakítja ki). A csapat eszközhasználata is a rendőrségi lehetőségeknek felel meg: láthatunk rádiós kapcsolattartást; az irattár, illetve az akták használatát, amely a bűnüldözők informálását segíti; s szerepet kapnak a rendőrségi járművek is (nagyvárosi miliőben és erdőben egyaránt). Ezzel a csapattal áll szemben a bűnözők társasága: Zéró, a bűnözőzseni macska a fő intrikus, a szálak mozgatója, a minden hájjal megkent értelmi szerző – aki a komikus bűnügyi filmek visszatérő motívumának megfelelően hülyékkel, de legalábbis inkompetens segítőkkel van körülvéve. Zéró alkalmazottja a cselekmény első felében a Piroska névre keresztelt, dehonesztáló jelzők (pl. buta, ronda) sorával illetett figura; az erdei konspiráció kivitelezésében pedig Sikló Simi, Varangy Vanda és Szarka Szaniszló triójának közreműködésére hagyatkozik, jóllehet ők is meglehetősen ügyetlenek. Két bűntényre épít a cselekmény: az első egy kisebb akció, csak előkészítés a tulajdonképpeni „főfogás” számára, s ezt nemcsak a fő intrikus hangsúlyozza, hanem a film felépítése is ehhez igazodik. A hangsúlykülönbség a játékidő felosztását is szabályozza: a film egyharmadához kötődik az első bűnügy, míg a „nagy dobás” a fennmaradó kétharmad vezérmotívuma. A bűnözők kisebbik vállalkozása az „emberrablás” egy változata, melyet jelen esetben indokoltabb „madárrablásnak” nevezni: egy operaénekesnő és egy tudós túszul ejtésére kerül sor, mert a félresikerült lehallgatás során a Tizedes tévesen dekódolja az erre utaló töredékes információkat, s arra a következtetésre jut, hogy Zéró a városi szökőkút aranyhalait készül megkaparintani, ennek lefülelési kísérlete azonban csúfos kudarcba torkollik („Ha szabad megjegyeznem, Tizedes, láttam én már ennél jelentékenyebb nyomozati eredményt is!” – kommentálja a bagoly). A tréfás rendőri félreértés mellett kiemelten komikus a túszok „begyűjtése” is: az operaénekesnőt előadás közben ragadja el Piroska, s egy zsákba rakott malacot lök helyette a színpadra; míg a nyelvészprofesszorra Zéró múmiának álcázva csap le, s játszi könnyedséggel űz gúnyt a tudós szórakozottságából, amikor saját kezűleg (!) nyújtja át neki a múzeumi tanúsítványt önnön múmia-mivoltáról. A madárrablás akciója azonban nem hoz sikert, Góliát végül nyomra vezeti feletteseit, s a szökőkútbeli elbaltázott akciót is kompenzálva a Tizedesnek sikerül elfognia Piroskát és kiszabadítania a túszokat. Ezt követően konkretizálódik a Zérót motiváló elsődleges gaztett, amit joggal tarthatnánk a bűnügyi rajzfilmek történetében minden idők legnagyobb ingatlancsalási kísérletének: Zéró ugyanis arra készül, hogy a Kerek Erdőt, busás haszon reményében, egy hódok által üzemeltetett fakitermelő vállalat birtokába juttassa. Ehhez előzőleg több művelet szükségeltetik; közülük a komikumba forduló bűnözői manőverek sorát gyarapítja, ahogyan Zéró és csatlósai megpróbálnak megszabadulni a Kapitánytól, aki ideiglenesen az erdőben telepedik le, hogy elkapja a bűnözőket.